Sve ozbiljnija politička kriza oko Ustava Bosne i Hercegovine i statusa srpskog entiteta Republike Srpske još više je oslabila centralnu vlasti, te ih je podijelila na etničkoj osnovi, time zanemarujući ljudska prava. Politika državne sigurnosti imala je negativan uticaj na ljudska prava. Odgovornost za ratne zločine je područje u kojem se bilježi uspjeh.
Odgovornost za ratne zločine
Suđenje ratnom predjedniku bosanskih Srba Radovanu Karadžiću, optuženom za genocid, uključujući onaj počinjen u Srebrenici, te za ratne zločine i zločine protiv čovječnosti, počelo je 27. oktobra 2009. godine na Međunarodnom sudu za ratne zločine počinjene na području bivše Jugoslavije (MKSJ). Kardžić je na početku bojkotovao sudski proces i trenutno se sam brani. Sud je ranije u mjesecu oktobru odbio Karadžićevu molbu za dužu odgodu početka suđenja, kao i njegovu tvrdnju da suđenje nema zakonsku osnovu zbog navodnog poslijeratnog dogovora o imunitetu. Sud je 9. novembra odlučio da odobri Karadžićevo pravo da se sam brani ali mu je dodijelio savjetnika koji će biti u stanju pripravnosti i preuzeti slučaj ukoliko Karadžić nastavi da opstruira suđenje kada se ono nastavi 1. marta 2010. godine.
Ratko Mladić, koji je skupa sa Karadžićem jedan od odgovornih za masakr u Srebrenici, još uvijek je u bjekstvu u vrijeme pisanja ovog izvještaja.
Ratni vođa bosanskih Srba Momčilo Krajišnik je u septembru počeo služiti dvadesetogodišnju kaznu u Velikoj Britaniji nakon martovske sudske odluke Žalbenog vijeća MKSJ kojom se potvrđuje presuda za deportaciju, nasilno premještanje i progon (presude za istrebljivanje i ubistvo su poništene).
MKSJ je u julu mjesecu optužio i izrekao presudu Milanu Lukiću na doživotnu, a Sredoju Lukiću na tridesetogodišnju kaznu za zločine protiv čovječnosti i ratne zločine protiv civila bošnjačke nacionalnosti (bosanskih Muslimana) u Višegradu.
Suđenje Mići Stanišiću i Stojanu Župljaninu, bivšim visokim dužnosnicima bosanskih Srba, je na osnovu optužbe za ratne zločine počelo u septembru na MKSJ.
Odjel za ratne zločine u Sarajevu je zaključilo 20 slučajeva u prvih devet mjeseci 2009. godine, na prvo mjesto stavljajući najozbiljnije slučajeve u skladu sa kriterijem ustanovljenim u svojoj strategiji za ratne zločine koja je usvojena u decembru 2008. godine. Parlament Bosne i Hercegovine je u oktobru 2009. godine odbio da produži mandata stranim sudijama i tužiteljima u Odjelu koji ističe u decembru. U julu je Vijeće ministara odobrilo produžavanje mandata promijenivši raniju odluku pod utjecajem međunarodne kritike.
Prema podacima koje je obezbijedila Organizacija za evropsku bezbjednost i saradnju (OSCE), domaći sudovi su zaključili devet slučajeva vezanih za ratne zločine u prvih devet mjeseci 2009. godine, a 34 slučaja su u toku. Nije učinjen napredak da se uklone prepreke sa kojim se suočavaju domaći sudovi koji sude po predmetima ratnih zločina, a koje uključuju nepostojanje podrške i zaštite svjedoka na većem broju sudova, zatim nedovoljan broj zaposlenih, nekvalitetnu saradnju izmedju tužiteljstva i policije i nedovoljno prisutnost u javnosti.
Povratak izbjeglica i raseljenih lica
Povratak izbjeglica i raseljenih lica u svoja predratna prebivališta nastavlja da opada. UNHCR je tokom prvih šest mjeseci 2009. godine registrovao samo 191 slučaj povratka bosanskih izbjeglica i 110 slučajeva povratka raseljenih lica. Podaci iz juna mjeseca 2009. godine pokazuju da je više od 117,451 Bosanaca registrovano kao osobe sa statusom raseljenih lica (uključujući 7,500 osoba u kolektivnim centrima), od kojih je 66,215 u Republici Srpskoj (skoro svi srpske nacionalnosti), 50,468 u Federaciji (od kojih je 90% Bošnjaka i 10% Hrvata) i 768 u Brčko distriktu. Nema pouzdane procjene o broju izbjeglica izvan granica Bosne i Hercegovine.
Nekolicina raseljenih lica koja se vrate bira područja gdje njihova nacionalna skupina čini većinsko stanovništvo. Ta lica su većinom starije osobe koje se vraćaju u ruralna područja. Manjak finansijskih mogućnosti i stambeni problemi i dalje ostaju najveće prepreke sa kojima se povratnici suočavaju, ali politička kriza i nacionalna podijeljenost čine uslove za povratak nepoželjnim. Izbjeglice romske nacionalnosti koje u najvećem broju slučajeva dolaze sa Kosova, nalaze se u ranjivoj poziciji i zavise od periodičnih produžetaka njihovog privremenog statusa.
Rasprava koja se vodila u junu oko revidiranja državne strategije za povratak je zastala u Domu naroda oko pitanja da li se više sredstava treba izdvojiti za povratak u predratna prebivališta (mišljenje koje su zastupale bošnjačke stranke) ili se sredstva trebaju podijeliti na povratak i reintegraciju (mišljenje koje su zastupale srpske stranke).
Državljanstvo i državna sigurnost
Kontroverzna Državna komisija uspostavljena da vrši reviziju odluka o naturalizaciji stranih državljana u toku rata nije bila mnogo aktivna u 2009. godini. Pet osoba kojima je oduzeto bosanskohercegovačko državljanstvo su još uvijek u pritvoru i to samo na osnovu tajnih dokaza kojima oni i njihovi advokati nemaju pristup a bez ikakve optužnice vezane za državnu sigurnost. Imad Al Husin je zadržan u pritvoru uprkos intervenciji Evropskog suda za ljudska prava u januaru 2008. godine kojom se blokira njegova deportacija u Siriju. Domaće i međunarodne nevladine organizacije su u maju ukazale na opasnost od protjerivanja onih koji imaju pravo na status izbjeglica kao što je slučaj sa Awad Aimanom, kojeg bosanskohercegovačke vlasti žele također da deportuju u Siriju. Ostale osobe u pritvoru su Omar Frendi (Alžirac), Ammar Al Hanchi (Tunižanin) i Abdullah Baura (Iračanin). Oni su šestog oktobra počeli sa štrajkom glađu protestujući protiv trajnog pritvora. Šesta osoba u pritvoru, Benkhira Aissa iz Alžira (koji je također štrajkovao glađu), puštena je iz trajnog pritvora u Lukavici nakon što mu je nakon žalbe vraćeno bosanskohercegovačko državljanstvo.
Seksualna orijentacija i spolni identitet
Kao pozitivan korak, Parlament je u junu usvojio zakon protiv diskriminacije, u kojem su uključeni lezbijke, gay osobe, biseksualci i transrodne osobe. Međureligijsko vijeće u Bosni i Hercegovini koje je predstavnik glavnih religijskih zajednica (muslimanske, pravoslavne, katoličke i jevrejske) protestovalo je protiv ovog zakona za koji vjeruje da će legalizirati homoseksualne brakove.
Direktor Studentskog centra u Sarajevu Emir Kadrić je u junu izjavio da „za homoseksualce nema mjesta u studentskim domovima u Sarajevu." Otprilike u isto vrijeme je sličnu izjavu dao i Dragan Mikulić, direktor Studentskog doma Sveučilišta u Mostaru. Iako su mediji i predstavnici civilnog drustva protestovali protiv onoga što su nazvali neprihvatljivim govorom mržnje, vlasti se po ovom pitanju nisu oglasila.
Nacionalna i religijska diskriminacija u političkom sistemu
Bosna i Hercegovina nastavlja zabranjivati članovima zajednica koje nisu muslimanske, srpske ili hrvatske, da budu kandidati na izborima za Predsjedništvo i da budu članovi Doma naroda, što predstavlja kršenje međunarodnih propisa o ljudskim pravima. U junu mjesecu je Veliko vijeće Evropskog suda za ljudska prava saslušalo prigovor dva državljana Bosne i Hercegovine, od kojih je jedan romske, a drugi jevrejske nacionalnosti, a kojima je zbog toga zabranjeno da budu kandidati za državne funkcije. Sudska odluka se očekuje do kraja 2009 godine.
Sloboda medija
Prema informacijama Ministarstva sigurnosti Bosne i Hercegovine, tokom prvih devet mjeseci 2009. godine je zabilježen porast napada na novinare od 40%, od čega su 24 slučaja prijavljena policiji, a odnose se većinom na verbalno, ali i fizičko nasilje. Počinitelji jos uvijek nisu izvedeni pred lice pravde u vrijeme pisanja ovog izvještaja. Ured Visokog predstavnika (OHR), Evropska komisija i pojedine ambasade europskih zemalja izrazile su zabrinutost zbog sve lošijih uslova rada sa kojim se novinari suočavaju.
Slobodana Vaskovića, novinara - istražitelja čija se emisija prikazuje u Federaciji BiH, su u martu ove godine dva muškarca iz Trebinja u Republici Srpskoj gurala i vrijeđala dok je snimao program o povezanosti lokalne pravoslavne crkve i političara iz Republike Srpske. Također su pokušali uništiti i opremu za snimanje. Vasković i ekipa su prijavili slučaj policiji nakon čega ih je policija ispratila iz grada, štiteći ih od rulje. Ambasada Sjedinjenih Američkih Država je osudila napad.
Ključni međunarodni akteri
Ključni međunarodni akteri u Bosni i Hercegovini - Ured visokog predstavnika/specijalnog predstavnika Evropske Unije i Sjedinjene Američke Države, koji imaju podršku Vijeća za implementaciju mira, usmjerili su svoje snage ka rješavanju političke krize u Bosni i Hercegovini, uključujući prijetnje otcjepljenja koje su dolazile od Milorada Dodika, premijera Republike Srpske, te nacionalističku retoriku vladajućih stranaka. OHR, EU i SAD su organizovali pregovore na visokom nivou u oktobru u cilju nalaženja kompromisa u vezi sa reformom ustava što bi ojačalo centralne institucije koje su neophodne za funkcionalnu državu, završetak međunarodnog nadzora i buduće članstvo u EU.
Austrijski diplomata Valentin Inzko je 11. marta zamijenio Miroslava Lajčaka na mjestu Visokog predstavnika i specijalnog predstavnika EU. Odluka o imenovanju novog Visokog predstavnika je potvrdila procjenu Vijeća za implementaciju mira da Bosna i Hercegovina tek treba ispuniti kriterije za potpuno samoupravljanje.
Politički sukob između OHR-a i vlasti Republike Srpske je dostigao svoj vrhunac nakon što je Visoki predstavnik u septembru iskoristio svoje izvršne 'bonske ovlasti' kako bi nametnuo zakone koji bi ponovo uspostavili državnu elektroprivredu, uključujući i Brčko distrikt (što je povezano sa pokušajima da se okonča međunarodno nadgledanje Brčkog u 2009. godini). Bosanski Srbi žele osnovati vlastitu elektroprivredu. Milorad Dodik je odbio nove zakone uz prijetnju da će povući dužnosnike Republike Srpske iz državnih organa. Vijeće za implementaciju mira je ocijenilo da je ovaj potez „direktno kršenje Dejtonskog mirovnog sporazuma."
Godišnji izvještaj Evropske komisije o Bosni i Hercegovini objavljen u novembru 2009. godine povezao je politike identiteta sa sporim povratkom, prijetnjama novinarima i zastrašivanjem nevladinih organizacija, a pohvalio je napredak u suđenju ratnih zločina.