La conmoción política que experimentó Honduras durante 2009, y que culminó con el derrocamiento por el Ejército del Presidente de Honduras Manuel Zelaya, tuvo como resultado violaciones generalizadas de derechos humanos por parte de las fuerzas de seguridad durante las manifestaciones que siguieron al golpe de estado. El gobierno de facto encabezado por Roberto Micheletti buscó consolidar el control del país a través de medidas represivas.
Ante la presión internacional para que abandonara el poder, el gobierno de facto respondió mediante la represión continua de manifestantes y la emisión de decretos que suspendían libertades fundamentales. También aplicó la ley de manera selectiva, en una aparente campaña para perseguir a los opositores, y causó graves perjuicios a los derechos humanos y el estado de derecho. Asimismo, el gobierno no tomó medidas para abordar otros problemas de derechos humanos, como el abuso constante de transexuales por las fuerzas policiales.
En noviembre de 2009, Porfirio Lobo triunfó en las controvertidas elecciones presidenciales organizadas por el gobierno de facto. Lobo propuso conceder una "amnistía para todos" los sectores que participaron del golpe de estado, lo cual vulneraría las obligaciones internacionales de Honduras y atentaría contra el estado de derecho. [Actualizado en enero de 2010].
Fuerza excesiva y detenciones arbitrarias
Luego del golpe militar, el gobierno de facto impuso inmediatamente el toque de queda y dictó un decreto que suspendía las libertades civiles, como la libertad de prensa y reunión. También concedió al Ejército amplias facultades para acallar las protestas. En los días posteriores, el Ejército ocupó los medios de comunicación opositores, y canceló su transmisión en forma provisoria, así como instituciones gubernamentales y compañías administradas por el gobierno, entre ellas la compañía de telecomunicaciones Hondutel.
Las manifestaciones surgieron inmediatamente. La gran mayoría de las manifestaciones fueron pacíficas y no se informó que los manifestantes llevaran o utilizaran armas letales, si bien hubo algunas versiones de que habrían lanzado piedras y otros objetos contra las fuerzas de seguridad, y varios comercios fueron saqueados. Los policías y militares respondieron con un uso excesivo de la fuerza en casos en que los manifestantes representaban una amenaza mínima o nula para los demás.
El uso excesivo de la fuerza causó la muerte de, al menos, cuatro personas. Isis Obed Murillo Mencías falleció luego de recibir un disparo en la cabeza mientras participaba en una manifestación en las afueras del aeropuerto Toncontín de Tegucigalpa el 5 de julio. El cuerpo de Pedro Magdiel Muñoz fue encontrado el 25 de julio en el departamento de El Paraíso, con signos de tortura. Testigos informaron a la Comisión Interamericana de Derechos Humanos que ese día Muñoz había participado en una manifestación frente a los retenes militares y que había sido arrestado por miembros del Ejército. El maestro Roger Vallejos Soriano recibió un disparo en la cabeza durante una protesta que tuvo lugar en Comayagüela el 30 de julio. Pedro Pablo Hernández recibió un disparo en la cabeza en un retén militar ubicado en el valle de Jamastrán el 2 de agosto, según los testimonios recogidos por la Comisión. Los defensores de derechos humanos locales identificaron varios homicidios más que, según creen, también podrían haber sido resultado del uso excesivo de la fuerza por parte de las fuerzas de seguridad hondureñas.
Las fuerzas de seguridad utilizaron reiteradamente bastones de madera, tubos metálicos y cadenas para golpear a los manifestantes que habían sido detenidos o reducidos. Hubo numerosas denuncias de organizaciones locales de derechos humanos sobre abuso físico y verbal constante en los puestos de policía y centros de detención. Según las organizaciones de derechos humanos que visitaron los centros de detención, los puestos de policía y las cárceles, las fuerzas de seguridad no siempre incluían a los detenidos en los registros ni los acusaban de alguna actividad delictiva.
Si bien los manifestantes detenidos fueron acusados de destrucción de la propiedad pública y robo, los fiscales también presentaron cargos de "sedición" contra cerca de 70 personas. En un caso, el juez intentó que la acusada, una maestra hermana de un conocido partidario de Zelaya, permaneciera encarcelada, mientras que dispuso la liberación de un hombre acusado por el mismo delito el mismo día y en ese mismo lugar. La mujer acusada fue posteriormente liberada bajo fianza, pero se mantuvieron los cargos de "sedición".
Obstrucción de las investigaciones de violaciones de derechos humanos
Luego del golpe, la pequeña unidad de derechos humanos de la Fiscalía General de la República comenzó a investigar varios casos de asesinatos, detenciones ilegales y arbitrarias y presunto uso excesivo de la fuerza por parte de los agentes de seguridad. La unidad también presentó un recurso para impugnar un decreto que limita la libertad de prensa y de reunión y que había sido utilizado por el gobierno de facto para impedir la transmisión de dos medios de comunicación. Sin embargo, la unidad ha debido enfrentar la resistencia de sus superiores en la Fiscalía General de la República, demoras en la resolución de sus recursos por la Corte Suprema de Justicia y varios actos de obstrucción, entre los cuales se cuentan amenazas directas de miembros de las fuerzas armadas.
Durante una investigación, un oficial del Ejército amenazó a un miembro de la unidad, al que le dijo: "Ojalá que estuviera en la guerra fría, los días de Pinochet, los días cuando podías desaparecer (a alguien)". Estas expresiones fueron interpretadas por el fiscal como una amenaza directa. Se prohibió a dos miembros de la unidad que ingresaran a un batallón del Ejército para trabajar en un caso. El Fiscal General también implementó una nueva práctica que consiste en vetar todos los recursos presentados por la unidad ante la Corte Suprema.
Libertad de expresión
El 27 de septiembre, seis días después de que Zelaya regresara secretamente a Honduras y solicitara asilo a la embajada de Brasil, el Presidente de facto Micheletti declaró públicamente que dos medios de comunicación opositores, Canal 36 de televisión y Radio Globo, serían acusados de "terrorismo mediático". Temprano en la mañana del 28 de septiembre, los militares tomaron el control de ambas estaciones, así como de una estación de radio afiliada, propiedad de Canal 36. Los soldados confiscaron los equipos de estos medios. La comisión de telecomunicaciones del gobierno, CONATEL, justificó estas intervenciones gubernamentales afirmando que ambas estaciones estaban incitando a la violencia y vertían comentarios injuriosos al instar a los partidarios de Zelaya a protestar contra el golpe.
El 5 de octubre, poco antes de una visita de la Organización de los Estados Americanos para facilitar el diálogo entre ambos sectores, el gobierno de facto anunció que anularía el decreto que suspendía las garantías constitucionales, entre ellas la libertad de prensa. Sin embargo, no publicó la anulación oficial del decreto y los medios de comunicación que habían sido clausurados el 28 de septiembre continuaban cerrados. Ese mismo día, el gobierno anunció un acuerdo que limitaba aún más la libertad de prensa. El 19 de octubre, Radio Globo y Canal 36 regresaron al aire, algunas horas después de que el gobierno publicara oficialmente su decisión de dejar sin efecto el primer decreto.
No obstante, el acuerdo que limita específicamente a la prensa no fue revocado, y la amenaza de cierre continuó acechando a los medios de comunicación. Algunos periodistas que trabajan para publicaciones masivas de Honduras comentaron a Human Rights Watch que se autocensuraban por temor a perder sus programas o empleos, o a sufrir algún otro tipo de hostigamiento. Varios periodistas y fotógrafos informaron haber sufrido lesiones o agresiones mientras cubrían las protestas.
Violencia contra transexuales
En mayo de 2009, Human Rights Watch publicó un informe que describe un incremento en la cantidad de violaciones sexuales, golpizas, extorsiones y detenciones arbitrarias cometidas por agentes de seguridad pública contra transexuales en Honduras. Al menos 17 travestis (como se llama frecuentemente a los transexuales) fueron asesinados en sitios públicos en Honduras entre 2004 y principios de 2009, entre ellos la activista por los derechos de los transexuales Cynthia Nicole el 9 de enero de 2009. Ningunas de estas muertes fueron objeto de una investigación efectiva que permitiera el juzgamiento o la condena de los perpetradores.
La situación se agravó aún más luego del golpe, y las organizaciones no gubernamentales informaron que seis transexuales fueron asesinados entre julio y mediados de noviembre. También informaron haber descubierto una prisión clandestina utilizada por la policía municipal para "desaparecer" personas, incluyendo a detenidos y transexuales, donde permanecían detenidos y eran sometidos a golpizas, para luego ser liberados sin que constara en ningún registro oficial que habían sido arrestados.
Actores internacionales clave
El gobierno de Estados Unidos ejerce una profunda influencia sobre los principales actores políticos, militares y económicos de Honduras. Estados Unidos es el principal socio comercial de Honduras. El Ejército estadounidense mantiene una relación de larga data con las fuerzas armadas hondureñas, que incluye el uso de la Base Aérea Soto Cano, donde Estados Unidos mantiene 500 soldados.
Luego del derrocamiento de Zelaya, Estados Unidos condenó el golpe e instó a que se permitiera que Zelaya regresara al poder. No obstante, Estados Unidos esperó varias semanas antes de imponer sanciones clave (como la cancelación de visas a actores militares, económicos y políticos) que presionaran al gobierno de facto a devolver el poder a Zelaya. Al momento de la redacción del presente documento, los esfuerzos de Estados Unidos por mediar en la resolución de la crisis política estaban paralizados.
La Organización de los Estados Americanos (OEA) también denunció el golpe y sancionó al gobierno de facto suspendiendo su membresía a la OEA. Además, intentó sin éxito mediar una resolución a la crisis política. La Comisión Interamericana de Derechos Humanos de la OEA fue crucial durante la crisis. Envió una delegación de investigación que expuso algunas de las violaciones de derechos humanos -incluidas muertes, detenciones masivas y uso excesivo de la fuerza por las fuerzas de seguridad de Honduras- luego del golpe.
La Organización de las Naciones Unidas también incremenó su observación del país. El 1 de octubre, el Consejo de Seguridad de la ONU autorizó a la Oficina de la Alta Comisionada para los Derechos Humanos a elaborar un informe sobre las violaciones de derechos humanos ocurridas desde el golpe de estado.